Formar parte del Sistema Ferroviario Argentino lo diferencia de otras estaciones portuarias y le da una vinculación estratégica con todo el territorio nacional, brindando conexión con las principales capitales. Además, permite contar con un sistema de transporte de cargas masivo y eficiente de menor costo, que evita las congestiones viales de los grandes centros urbanos.
A escala regional el Puerto La Plata se enlaza con la red ferroviaria a través de las vías de la Línea General Roca, que conectan La Plata con la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Actualmente los operadores logísticos de carga que movilizan mercaderías desde y hacia el puerto son: Ferrosur Roca, NCA y la línea Belgrano Cargas.